1993 m. birželio 15 d., Alytaus miesto dieną, duris atvėrė ekspozicinė salė „Dainavos krašto materialinė ir dvasinė kultūra“, kurios autoriai jaunesnioji mokslinė bendradarbė Saturnina Bubinaitė ir dailininkas Kostas Poškus.

1996 m. birželio 15d. Alytaus miestiečiams bei svečiams buvo pristatyta trečioji ekspozicijų salė „Dzūko valstiečio sodyba XIX a. pab. – XX a. pr.“.  Ekspozicijos autoriai – buvęs muziejaus direktorius Vidmantas Laurinavičius, dailininkas Kostas Poškus, restauratorius Jonas Uosaitis.

2008 m. vasario 15 d. buvo atidaryta nauja ekspozicija „Gyvenimas abipus Nemuno. Alytus archyvų, bibliotekų ir muziejų dokumentuose.“ Ekspozicijos dizainerė Skirmantė Vaitkevičiūtė, ekspozicijos koncepciją kūrė muziejininkai Audronė Jakunskienė, Vilma Jenčiulytė, Vilmantas Dunderis, techninius ekspozicijos konstravimo darbus atliko Jonas Uosaitis.

Paroda atidaryta 1998 metais, papildyta ir praplėsta 2003 metais. Ekspozicijos autoriai: jaunesnioji mokslinė bendradarbė Saturnina Bubinaitė, dailininkai Kostas Poškus bei Gintarė Markevičienė.