1987m. sausio 7 dieną komisija, susidedanti iš pirmininko J.Linkevičiaus, “Vyturio�? leidyklos vyr. red. pavaduotojo, narių R.Gudaičio, LTSR rašytojų sąjungos konsultanto ir A.Ruseckaitės, LTSR literatūros muziejaus skyriaus vedėjos, peržiūrėjo poeto Anzelmo Matučio  archyvinį bei memorialinį palikimą ir jį suregistravo. Jį sudarė archyvas, epistolinė medžiaga, memorialiniai daiktai, fotografijos, biblioteka. Visa tai 1989-1990 metais ir įsigijo muziejus.

Alytaus miesto Liaudies deputatų tarybos Vykdomasis komitetas 1988 metų sausį gavo leidimą steigti Anzelmo Matučio memorialinį muziejų jo name Alytuje Taikos gatvė Nr.8. Tais pačiais metais Taikos gatvei suteikiamas A.Matučio vardas. Šios gatvės 8-ame name 1989 metais savo veiklą pradėjo Anzelmo Matučio vaikų literatūros muziejus. Tuomet jis buvo pavaldus Maironio lietuvių literatūros muziejui, o 1991 metų sausį, remiantis LR kultūros ir švietimo ministro 1990-11-21 įsakymu Nr.374,  A.Matučio vaikų literatūros muziejus kartu su visais eksponatais, inventoriumi, pagrindinėmis priemonėmis perduotas Alytaus kraštotyros muziejaus žinion. Tuomet muziejaus pagrindiniame fonde buvo 3381 eksponatas, o pagalbiniame fonde – 701 eksponatas.

1991 metų spalio 19 dieną lankytojams duris atvėrė Anzelmo Matučio memorialinis kabinetas. Atidarymo iškilmėse dalyvavo poeto artimieji, draugai, buvę mokiniai, jį pažinoję žmonės, Alytaus miesto valdžios atstovai. Tądien pirmą kartą viešai nuskambėjo A.Matučio eilėraštis “Tėvynės vyturėliai�? (vienas iš draustų tarybiniais metais).

Po kiek laiko muziejus pavadinamas Anzelmo Matučio memorialiniu muziejumi. Nuo 1993 metų sausio mėnesio muziejaus antrame kambaryje veikė paroda “Anzelmas Matutis fotografijose�?. 1998m. sausio 6d. ją pakeitė kita paroda – “Dvylikos svečių lauktuvės�?. Ją sudarė dailininkės Albinos Makūnaitės iliustracijos ir eksponatai, bylojantys apie poeto pomėgius – žūklę ir keliones. Paroda buvo skirta poeto 75-mečiui.

 

Šiuo metu, nuo 2003 metų liepos mėnesio antrojo kambario ekspozicija dalinai pakeista ir papildyta. (Žiūrėti skyrių "Ekspozicijos").

Nuo 1998 metų rudens muziejuje pradėta nauja veikla – rengiami teminiai užsiėmimai.