Archeologijos rinkinyje šiuo metu saugoma virš 3500 eksponatų. Seniausi eksponatai priskiriami mezolito laikotarpiui. Tai titnaginiai dirbiniai iš Varėnos rajono – Dubičių, Rudnios, Kaniavos, Girežerio kaimų, Senosios Varėnos, taip pat rasti prie Ūlos, Merkio upių. Viso per 74 vnt.

Numizmatikos rinkinį sudaro 13134 pagrindinio ir  pagalbinio fondo monetos. Numizmatikos rinkinys pradėtas kaupti nuo pat pirmųjų Dzūkų muziejaus įkūrimo dienų. Antrojo pasaulinio karo metais daugelis eksponatų pradingo. Rinkinys pradėtas formuoti iš naujo. Eksponatai patekdavo įvairiu keliu: iš archeologinių kasinėjimų, atsitiktiniai radiniai, įsigyti iš gyventojų.

Bonistikos rinkinyje saugoma apie 2000 eksponatų. Jį sudaro XIX – XX a. Lietuvos, Lenkijos, Rusijos, Sovietų Sąjungos ir kitų pasaulio šalių popieriniai pinigai, vekseliai, obligacijos, loterijos bilietai. Rinkinyje yra tarpukario Lietuvos Respublikos litai, atkurtos Lietuvos Respublikos laikinieji pinigai.

Faleristikos rinkinį sudaro 664 pagrindinio ir pagalbinio fondo eksponatai. Jame saugomi XIX – XX a. Lietuvos, Rusijos, Lenkijos, Vokietijos ir kitų šalių ordinai, medaliai, apdovanojimo ženklai, ženkliukai. Šiuo metu rinkinyje kaupiami Dzūkijos regiono ženklai ir ženkliukai.  

Fotografijos rinkinys – vienas gausiausių rinkinių muziejuje. Jame saugoma 6100 pagrindinio ir virš 7300 pagalbinio fondo fotografijų bei negatyvų. Ypač vertingos Lietuvos Respublikos (1918 – 1940) fotografijos, kurios atspindi tuometinį miesto veidą: architektūrą, valstybines šventes ir garsius to meto veikėjus. Galima išskirti gana didelę vieno iš žymesnių Alytaus fotografų I. Abramavičiaus kolekciją ir žinomo to meto Lietuvoje fotografo J. Skrinsko darytas nuotraukas.