Numizmatikos rinkinį sudaro 13134 pagrindinio ir  pagalbinio fondo monetos. Numizmatikos rinkinys pradėtas kaupti nuo pat pirmųjų Dzūkų muziejaus įkūrimo dienų. Antrojo pasaulinio karo metais daugelis eksponatų pradingo. Rinkinys pradėtas formuoti iš naujo. Eksponatai patekdavo įvairiu keliu: iš archeologinių kasinėjimų, atsitiktiniai radiniai, įsigyti iš gyventojų. Didžiąją rinkinio dalį sudaro šeši monetų lobiai: Alytaus, Kolonijų (1666/1979 m.) – 475 vnt., Alytaus, Sodų g. (1666/1969 m.) – 5300 vnt., Bartelių k., Varėnos r. (1683/1953-1954 m.) – 287 vnt., Krikštonių k., Lazdijų r. (1666/1970 m.) – 33 vnt., Rumbonių k., Alytaus r.(1669/1970 m.) – 4261 vnt., Ūdrijos k., Alytaus r. (1570/1977 m.) – 259 vnt.. Nemažai monetų rasta archeologinių kasinėjimų Alytaus, Bazorų, Leipalingio ir kt. kapinynuose.

Rinkinyje saugoma trišonis sidabro lydinys, Aleksandro (1492-1506) pusgrašiai, Žygimanto Senojo (1506-1548) pusgrašiai, Žygimanto Augusto (1548-1572) dvidenariai, satyrinis trečiokas. Lenkijos , Kryžiuočių Ordino XIV-XV a. brakteatai. Lenkijos XVI-XX a., Livonijos XVI-XVII a., Prūsijos XVII-XIX a. Rusijos XVII-XX a., Vokietijos XIX-XX a. ir kitų šalių monetos.