Istorijos rinkinį sudaro muziejinės vertybės, susijusios su Alytaus miesto ir visos Lietuvos istorija. Šiame rinkinyje saugoma 4 643 muziejinių vertybių, daugiausia – technikos objektai, ginklai, baldai, indai ir stalo įrankiai, taip pat buvusio Alytaus miesto burmistro Edvardo Neverausko asmeniniai daiktai bei šeimos relikvijos.

2024-2025 m. Rinkinys buvo gausiai papildytas matininko įrankiais, kurių dabar jau retas gali pamatyti. Šiais įrankiais naudojosi matininkas kelis dešimtmečius dirbęs Alytuje. Taip pat saugomos 47 planšetės su nubraižytais topografiniais žemėlapiais: Simno, Kaniūkų, Užupių, Nemunaičio, Daugų ir Butrimonių apylinkių. Šios vertybės liudija tiek matininko amato kasdienybę, tiek istorinę teritorijų dokumentaciją, kuri dabar yra neįkainojama muziejaus vertybių dalis.