Pirmu alytiškių bandymu kurti tautos kultūra ir praeitimi besidominčią organizaciją galime laikyti 1920 m. sausio 13 d. Alytaus apskrities viršininko kanceliarijoje įregistruotą „Dzūkijos Aušros“ draugiją. Tačiau draugija greitai iškriko, nes išsiskirstė jos steigėjai. Tik praėjus septyneriems metams muziejiniam darbui susitelkė naujas aktyvistų būrelis: apskrities gydytojas S. Janavičius, kunigai K. Paulavičius ir P. Baltrušaitis, mokytojai S. Slavėnas ir V. Jakučionis, tarnautojas R. Adžgauskas.
Muziejaus steigėjai 1928 m. balandžio 24 d. šie kultūros darbo savanoriai Alytaus apskrities viršininko įstaigoje įregistravo Alytaus muziejų. Įkurtosios draugijos tikslas buvo „rinkti ir apsaugoti lietuvių kultūros liekanas nuo visiško jų sunaikinimo“. Praktiškai įgyvendinti planus pasirodė daug sunkiau, į muziejaus veiklą nesisekė įtraukti naujų narių, todėl muziejus buvo kuriamas vangiai. 1934 m., tebegyvuojant Alytaus muziejaus draugijai, kai kurie šios draugijos nariai (S. Vaitkevičius, M. Žilinskas, S. Janavičius, P. Baltrušaitis) ėmė kurti naują, tačiau tokia pat veikla užsiimančią organizaciją – Dzūkų kraštotyros draugiją Visus metus abi draugijos – ir muziejaus, ir kraštotyros – veikė lygiagrečiai. Nuo 1935 m. pavasario Alytaus muziejus buvo prijungtas prie Dzūkų kraštotyros draugijos, pavadintas Dzūkų muziejumi ir veikė Dzūkų kraštotyros draugijos prižiūrimas. 1935 m. gruodžio 30 d. posėdyje Draugijoms registruoti komisija nutarė Alytaus muziejaus draugiją uždaryti ir iš Draugijų registro išbraukti.

1936 m. Alytaus apskrityje Dzūkų kraštotyros draugija liko vienintelė organizacija, besidominti gimtojo krašto praeitimi, siekianti „apsaugoti jo senovės liekanas ir istorinę medžiagą“. Savo įstatuose DKD įsipareigojo rinkti „senovės iškasenas ir šiaip archeologinę medžiagą, senovės raštus, dokumentus, memuarus, atvaizdus, pinigus, graviūras“, sudaryti įvairiausius gamtos rinkinius, kaupti tautosaką, o rinkiniams laikyti ir senovės liekanoms apsaugoti – steigti muziejus. Dzūkų kraštotyros draugija iš Alytaus muziejaus draugijos „paveldėjo“ gabų organizatorių, turintį ir muziejinės patirties – A. Rukuižą, Alytaus aukštesniosios miškų mokyklos direktorių, miškininkų mokykloje įkūrusį į muziejėlį panašius mokymo kabinetus, vadovavusį draugijai iki 1936 m. vasaros. Jam talkino aktyvūs DKD nariai: daktaras S. Janavičius, mokyklų inspektoriai J. Miškinis, M. Židanavičius. Pasitelkę pagalbon apskričių mokytojus, DKD žmonės organizavo visoje Lietuvoje atgarsių susilaukusias Senovės dienas. Jų metu vieno valsčiaus žmonės ir šventės svečiai prisimindavo senovines dainas, raudas, šokius, gėrėdavosi iš skrynių dienos švieson iškeltais spalvingais drabužiais. Tuoj po pirmosios Senovės dienos 1936 m. Dzūkų muziejus persikėlė į Vilniaus gatvėje 25 numeriu pažymėtas patalpas. A. Rukuiža buvo paskirtas Lietuvos miškų departamento direktoriumi, todėl DKD ėmėsi vadovauti mokyklų inspektorius, vėliau Alytaus gimnazijos mokytojas Jonas Miškinis. Jau emigracijoje išleistuose atsiminimuose J. Miškinis rašė, kad prieš karą Dzūkų muziejuje buvo proistorijos, numizmatikos, vaizdinio meno, skulptūros, bažnytinio meno, aprangos, audinių, namų apyvokos, medžioklės, žvejybos, žemės ūkio, primityvių senovės mašinų, medžio apdorojimo įrankių, spaudos draudimo, meno paveikslų skyriai. 1939 m. visas DKD turtas su muziejaus eksponatais ir baldais įvertintas 25 000 Lt. 1940-ųjų m. birželio mėn., sustabdžius visų Lietuvoje veikusių draugijų ir jų padalinių veiklą, prasidėjo jų perregistravimas. 1940 m. liepos 27 d. vidaus reikalų ministras leido Dzūkų kraštotyros draugijai toliau veikti. Dzūkų muziejų pakaitomis prižiūrėjo mokytojai L. Nadzeika, E. Šneideris, V. Bartlingas. Žmonės nuolat keitėsi: vieni emigravo į Vakarus, kitus naujoji valdžia pasiuntė „tobulintis“ į Rytus. Muziejus buvo apiplėštas tris kartus: užėjus sovietų armijai, vėliau – vokiečiams, o dar kartą istorija pasikartojo po karo. Kėsintasi ne tik į daiktus, bet ir į pavadinimą – 1947 m. muziejus buvo pavadintas Alytaus kraštotyros muziejumi. Ilgą laiką muziejus vegetavo. Padėtis pasitaisė tik 1957-aisiais, kai į Alytų atsikraustė jaunas energingas mokytojas Henrikas Lizdenis. Iš ankstesnės darbovietės Varėnoje mokytojas atsivežė „Lizdenio muziejų“ – archeologijos ir etnografijos eksponatų kolekciją. Tuomet muziejus persikraustė į naujas patalpas Šaulių, tuometinių Kultūros namų, pusrūsį (S. Dariaus ir S. Girėno g. 10), kur buvo įrengti nauji istorijos ir archeologijos, liaudies meno bei laikmečio atributo – socialistinės statybos skyriai. Lyg neišsibaigiančiais tarybinių laikų medaliais galėtume puošti H. Lizdenį įvairiais krašto mylėtojo titulais – pompastiškai, bet nepašiepdami vadintume jį Alytaus kraštotyrininkų idėjos ir veiklos vadu. Muziejaus darbui subūręs talkininkus: veiklią Muziejaus tarybą, muziejaus korespondentus-rėmėjus, jis organizavo ekspedicijas, padėjo visuomeniniams muziejams, dalyvavo ir skaitė pranešimus mokslinėse konferencijose, buvo organizacinio komiteto LTSR kraštotyros draugijai steigti narys, organizacinio komiteto LTSR kraštotyros draugijos Alytaus rajone skyriui kurti pirmininkas, Muziejų mokslinės-metodinės tarybos prie Muziejų ir kultūros paminklų apsaugos valdybos narys.

Vadovaujant H. Lizdeniui Alytaus kraštotyros muziejuje veikė ne tik nuolatinė ekspozicija, imtos rengti tradicinėmis tapusios liaudies meno parodos. Jose atsiskleidė daugybė savitų menininkų mėgėjų, senųjų amatų meistrų. Geriausi parodoms sukurti darbai, panašiai kaip ir po garsiųjų Senovės dienų, papildė Alytaus ir kitų muziejų fondus.

1976 m. imta kapitaliai remontuoti muziejų priglaudusius Kultūros namus. Muziejaus administracija su dalimi eksponatų turėjo kraustytis į menką patalpėlę Basanavičiaus g. 3 name. Likusieji eksponatai buvo sukrauti buvusioje žydų mokykloje M. Margytės (dabar – Savanorių ) gatvėje. Nuolatinė muziejaus ekspozicija taip pat buvo išardyta. Beveik dvidešimt metų tęsęsi dvasinio klestėjimo laikai pasibaigė. Muziejaus kolektyvas dažnai keitėsi, o aplinkybės susiklostė taip, kad 1976 m. H. Lizdenį pakeitė muziejuje dirbęs Vilniaus universiteto studentas V. Palevičius. Trejus metus truko susirašinėjimas su įvairiausiomis respublikos įstaigomis dėl lėšų muziejaus patalpoms M. Margytės gatvėje. Rekonstrukcija prasidėjo 1979 m. Vėl keitėsi muziejaus kolektyvas. Iš buvusių darbuotojų liko tik Anelė Kalašnikovienė, dirbanti rinkinių vyr. saugotoja iki šiol, o muziejui vadovauti ėmė kvalifikuotas istorikas A. Rybelis. 1981 m. švenčiant 400 metų Alytaus savivaldos jubiliejų buvo atidarytas rekonstruotas muziejaus pastatas, surengtos kelios parodos. Tačiau greitai išryškėjo statybininkų darbo brokas, nes jau 1985-aisiais paaiškėjo, kad pastato būklė avarinė. Nors iki 1988 m. veikė parodų salė, rengtos tradicinės Dzūkų dailės dienos, tačiau muziejaus veikla buvo labai apribota. Muziejaus kolektyvas savo pastangas tuomet nukreipė į kitus darbus: archeologas E. Svetikas rengė archeologines ekspedicijas, kasinėjo daugybę senkapių Alytaus, Lazdijų rajonuose, Bazorų kapinyną, Giluičių ir Alytaus piliakalnių gyvenvietes, Dzirmiškių pilkapyną, kiti muziejininkai tvarkė eksponatus, ruošė juos būsimoms ekspozicijoms, skaitė paskaitas, rengė etnografines ekspedicijas ir kt.

1988 m. statybų ėmėsi muziejaus direktorius V. Laurinavičius. Jam vadovaujant muziejus buvo perstatytas iš naujo greitai, išnaudojant visas tuometines projektavimo galimybes. Mažas darnus muziejininkų kolektyvas (dvi mokslinės bendradarbės, dailininkas, fondų vyr. saugotoja, restauratorius) parengė naujas nuolatines ekspozicijas. 1990 m. Lietuvos Respublikos kultūros ir švietimo ministro įsakymu Alytaus kraštotyros muziejuje įsteigti nauji filialai: poeto A. Matučio memorialinis muziejus A. Matučio gatvėje ir poeto A. Jonyno memorialinis muziejus Liškiavos gatvėje.

Pastarąjį dešimtmetį muziejus garsėja įvairiais netradiciniais renginiais, propaguojančiais Dzūkijos krašto, Alytaus miesto kultūrinį paveldą, organizuojamomis parodomis, akcijomis, išmoninga edukacine veikla, literatūriniais vakarais, amatų šventėmis, kurios ištakas galima surasti muziejaus pirmtakų organizuotose Senovės dienose, konferencijomis, įvairialype projektine veikla. Muziejaus darbuotojų pastangos 2005 m. Lietuvos muziejų asociacijos rengtoje Idėjų mugėje už Amatų kiemo idėją pelnė geriausios idėjos apdovanojimą, 2006 metais kolektyvas buvo įvertintas Alytaus miesto kultūros premija, švietėjiškoji muziejininkų veikla pripažįstama viena inovatyviusių Lietuvoje.

Alytaus kraštotyros muziejus – didžiausias valstybinis Pietų Lietuvos muziejus – jau atšventė aštuoniasdešimt. Muziejaus kolektyvas – jauni, gražių idėjų ir novatoriškų pasiūlymų turintys ir juos įgyvendinantys žmonės – stengiasi keisti muziejaus veidą siekdami, kad kiekvienas, atėjęs į muziejų, norėtų čia sugrįžti dar ne kartą. Vykdydamas savo socialinę-kultūrinę misiją, Alytaus kraštotyros muziejus saugo atmintį, skleidžia informaciją ir įtvirtina mūsų miesto identiteto ypatumus. Šis muziejus – tai ir archyvas, ir biblioteka, ir muziejus, ir, tam tikra prasme, kultūros centras, tai dėmesys savo krašto praeičiai ir istorijai.

Alytaus muziejaus registravimo pažymėjimas