Numizmatikos rinkinį sudaro per 13 000 pagrindinio ir pagalbinio fondo monetų. Muziejaus numizmatikos fondas pradėtas kaupti nuo pat pirmųjų įkūrimo dienų. Antrojo pasaulinio karo metais daugelis eksponatų pradingo. Rinkinys pradėtas formuoti iš naujo. Eksponatai patekdavo įvairiu keliu: iš archeologinių kasinėjimų, atsitiktiniai radiniai, įsigyti iš gyventojų. Didžiąją rinkinio dalį sudaro šeši monetų lobiai: Alytaus, Kolonijų (1666/1979 m.) – 475 vnt., Alytaus, Sodų g. (1666/1969 m.) – 5300 vnt., Bartelių k., Varėnos r. (1683/1953-1954 m.) – 287 vnt., Krikštonių k., Lazdijų r. (1666/1970 m.) – 33 vnt., Rumbonių k., Alytaus r.(1669/1970 m.) – 4261 vnt., Ūdrijos k., Alytaus r. (1570/1977 m.) – 259 vnt..

Rinkinyje saugomas XIV a. lietuviškas trišonis sidabro lydinys, Aleksandro (1492–1506) pusgrašiai, Žygimanto Senojo (1506–1548) pusgrašiai, Žygimanto Augusto (1548–1572) dvidenariai, satyrinis trečiokas. Lenkijos, Kryžiuočių ordino XIV–XV a. brakteatai. Lenkijos XVI–XX a., Livonijos XVI–XVII a., Prūsijos XVII–XIX a. Rusijos XVII–XX a., Vokietijos XIX–XX a. ir kitų šalių monetos ir žetonai.